複数の組織に所属しているユーザーがパスワードを変更した場合、所属している全ての組織で変更後の新しいパスワードが有効になります。

これは複数の組織で同じメールアドレスを登録すると、共通の「PCAアカウント」として認識されるためです。１つの「PCAアカウント」で設定できるパスワードは１つだけです。