以下の方法で設定できます。

①「年末調整」ー「年末調整控除項目入力」を起動します。
②該当の社員を選択し、［保険料控除等］タブー［基礎控除申告書］の提出区分を［未提出］に変更します。

【参考】
※［基礎控除申告書］の初期値は［提出］で設定されています。
※年末調整しない社員の場合は基礎控除額の計算を行いませんので、提出区分が［提出］に設定されていても問題ありません。