「社員」ー「社員登録」ー「社員情報の登録」の［通勤費］タブで［計算式を使用する］にチェックが付いている社員がいるため表示されるエラーです。
［計算式を使用する］にチェックを付けて運用している場合は、算定基礎（月額変更）届の計算を行う時に［通勤費の選択］を［自動選択］か［給与データ］にして計算してください。

【参考】

［自動選択］は、「社員情報の登録」の［通勤費］の金額を参照し、金額が0の場合は、給与入力画面で入力された非税通勤・課税通勤の金額を参照します。
［給与データ］は、「社員情報の登録」の通勤費に関係なく、給与入力画面で入力された非税通勤・課税通勤の金額を参照します。