［住宅借入金等特別控除の額］は、「年末調整控除項目入力」－［住宅借入・電子申告等］タブ内の［住宅借入金等特別控除額］欄に入力してください。
［借入金等年末残高］を入力しても、控除額は自動計算されませんのでご注意ください。

［住宅借入金等特別控除額］を修正した場合は、必ず再度、年末調整計算を行ってください。

【参考】
「年末調整控除項目入力」－［住宅借入・電子申告等］タブ内の［住宅借入金等特別控除額］に金額を入力していても、算出所得税額が0円の場合は、給与支払報告書の［住宅借入金等特別控除額］欄には「0」と表示されます。

算出所得税額は「源泉徴収簿」－［年末調整］タブにて確認することができます。