非課税となった金額を源泉徴収簿の余白に出力することはできません。

正しく年調年税額が算出されているのであれば、新たに非課税となった金額やその計算根拠の記載は、省略しても差し支えありません。

【参考】

国税庁HP「通勤手当の非課税限度額の引上げに関するQ&A」より抜粋

Q. 年末調整の際、新たに非課税となった金額とその計算根拠を源泉徴収簿の余白に記載すると聞きましたが、
当社で使用している給与計算ソフトではそのような記載ができません。どうすればよいですか。

A. 正しく年調年税額が算出されているのであれば、新たに非課税となった金額やその計算根拠の記載を省略しても差し支えありません。