税区分の設定が「機械計算甲欄」になっている可能性があります（月額表の通りに計算されるのは、税区分が「甲欄」または「乙欄」の場合です）。

※機械計算甲欄は、「給与等に対する源泉徴収税額の電算機計算の特例等」に該当する場合に設定します。通常の甲欄のように月額表を使用せず、財務大臣が定める方法により計算されます。この特例の詳細や対象となる条件、具体的な計算方法については、国税庁のホームページ等をご確認ください。

税区分は下記の手順で確認・修正することができます。

【手順】

①「社員」－「社員登録」－「社員情報の登録」を起動し、当該社員の画面を開きます。

②［所得税・年末調整］タブの［税区分］にて、現在の設定を確認することができます。

※変更した場合は最後に［登録］をクリックしてください。