特定収入割合の計算で、有価証券売上【税区分：X0】は、分母に有価証券売上の５％が非課税売上として集計されるのでしょうか？
５％ではなく、譲渡全額を非課税売上額として分母に集計します。
【参考】
国税庁HP消費税申告チェックシート（国、地方公共団体及び公共法人用） のチェック46