メッセージに記載されているケースの場合は、「消費税の還付申告に関する明細書（法人用）」の出力は行いません。

まずは以下の５点がきちんと設定されているかご確認ください。

１「前準備」－「会社基本情報の登録」の「申告区分」が“0:確定申告”、または“2:修正確定申告”に設定されている。
２「前準備」－「消費税申告書情報の登録」の「消費税管理」が「一般課税」に設定されている。
３「前準備」ー「消費税申告書情報の登録」の「税額控除に係る経過措置の適用（２割特例）」にチェックが外れている。
４「消費税及び地方消費税の合計」の集計結果がマイナス金額（還付）である 。

５消費税申告書（一般）の［控除不足還付税額］⓼が数字が記載されている。

【参考】

●中間申告の場合、その課税期間について納付すべき税額が発生するか還付金が発生するかは確定申告によって確定するものですから、仮決算による中間申告額がマイナスとなった場合であっても中間申告において還付を受けることはできません（基通15－1－5）。

参考：中間申告額がマイナスとなる場合（国税庁HP　法令等-質疑応答-事例-消費税）

●控除不足還付税額がないが、中間納付額が多いため還付が生じる場合は、［控除不足還付税額］⓼が空欄（0）となり、還付申告書を添付する必要はありません。（中間納付還付税額のみの還付申告書）

参考：確定申告書等に添付することとなる書類（国税庁HP　税の情報・手続・用紙-税について調べる-タックスアンサー（よくある税の質問））