大変申し訳ございませんが、支払伝票入力で「相殺」の種別に入力した金額は売掛金には反映しません。

【参考】
『PCA　商魂・商管シリーズ　バージョンDX（じまん・jimanを含む）』のシステムでは、売掛金と買掛金の直接連動はありません。
支払伝票入力で相殺の金額を入力しても入金伝票には反映しませんので、ソフト側でそれぞれ入力をしてください。