「電子申告データの作成」で、「法定調書合計表で提出媒体が1つも指定されていません。」というエラーになります。
「法定調書合計表」の入力画面に、「提出媒体」という欄があります。給与所得の源泉徴収票など、個別明細をどのように提出するか、という区分になります。電子申告される際は、こちらの設定を「14:電子」と設定ください。