「報酬等の支払」で、支払金額を消費税抜きで入力した行で、源泉徴収税額が正しく計算されません。
「受給者」-「受給者情報の登録」で該当する受給者の明細入力タブの[入力方法設定]-[源泉徴収税額]の設定[0:税込金額から計算する][1:税抜金額から計算する]を確認して、間違っている場合は正しく設定してください。