［在庫金額の評価方法］については、途中で変えても特に問題はありません。

【参考】
途中から評価方法を変更した場合は、過去に遡って再計算されます。
ただし、基本情報の設定を変更した後「在庫」－「在庫期間の集計」をかけ直さないと在庫一覧表や棚卸表には反映されませんのでご注意ください。