大変申し訳ございませんが、入金伝票入力で「相殺」の種別に入力した金額は買掛金には反映しません。

【参考】
『PCA　商魂・商管シリーズ　バージョンDX（じまん・jimanを含む）』のシステムでは、売掛金と買掛金の直接連動はありません。
入金伝票入力で相殺の金額を入力しても支払伝票には反映しませんので、ソフト側でそれぞれ入力をしてください。