「個人番号」－「個人番号入力」にて［削除予定日］を設定した場合は、「マイナンバー管理ツール」のメインメニュー上部に、「削除予定日を過ぎている人がいます。」と表示できます。
同じ画面の［確認］ボタンをクリックすると「個人番号削除」が起動し、削除することができます。