申し訳ございませんが、「マイナンバー管理ツール」の「個人番号」－「個人番号入力」で登録した個人番号や社員の氏名などを出力することはできません。
ただし、「PCAマイナンバー電子割符オプション」と「マイナンバーセキュア出力ツール」を利用することにより出力できるようになります。

詳しくは、こちらをご確認ください。