通勤距離が2km未満で駐車場代が発生する場合は、非課税ではなく課税扱いになります。

【参考】

国税庁HP「通勤手当の非課税限度額の改正に関するＱ＆Ａ」Q3-4より抜粋

Q.通勤距離が片道２㎞未満である人が駐車場等の料金を負担することを常例としている場合に は、駐車場等の料金相当額の通勤手当は非課税となりますか。

A.駐車場等の料金相当額（上限5,000円）の通勤手当が非課税となる人からは、その通勤の距離が２km 未満である人は除かれていますので、通勤距離が片道２㎞未満である人が駐車場等の料金を負担するこ とを常例とする場合であっても、その駐車場等の料金相当額の通勤手当は非課税となりません。