退職者に給与の支給をするには、給与入力時に退職者を表示させることで、通常通り入力することができます。
「給与明細書入力」では画面左下にて、「給与一覧表入力」「給与複写入力」では［社員指定］画面にて、表示する就労状況を指定することができます。

【参考】
「給与明細書入力」にて休職者・退職者にチェックを付けた場合は、休職者は青、退職者は赤の文字で表示されます。