賞与の社会保険料率が違っているか、支給項目が社会保険対象外になっていることが考えられます。
以下の方法により、設定を確認することができます。

【手順】
①「前準備」－「社会保険の登録」を起動し、設定したい社会保険コードを選択してから、［健保・厚年保険料率］タブをクリックします。
② 使用期間と賞与の保険料率を確認します。
③「給与体系」－「支給控除項目の登録」を起動し、該当社員が所属する給与体系を選択してから、作成した賞与支給項目の社会保険対象区分を確認します。
④ 既に賞与が入力済みの場合は、自動的には反映されませんので、「賞与明細書入力」にて該当社員の画面を起動し、［計算］ボタンをクリックします。

【参考】
健康保険・介護保険・厚生年金は、標準賞与額に保険料率を乗じて算出します。
標準賞与額とは、賞与などの金額の1,000円未満を切り捨てた金額で、健康保険の場合1年間で573万円を上限とし、厚生年金の場合1カ月で150万円を上限とします。
前月までの標準賞与額の年間累計、健康保険（厚生年金）標準賞与額は、以下の方法で確認することができます。
①「賞与」－「賞与明細書入力」にて該当社員の画面を起動します。
②［編集］－［社会保険対象額］をクリックします。