チェックがつけられない原因として、振込金額を編集したことが考えられます。
金額を編集すると仕訳の金額の内訳を確定することができないため、［集計仕訳を転送済みに変更する］と［支払伝票を作成する］にチェックをつけることができません。

なお、振込金額の編集は、「銀行処理」－「銀行振込依頼書」を画面表示し、該当する行を選択してから、メニューバーの［編集］－［振込金額編集］にて行います。