このメッセージは、補助科目の期首残高の［合計］欄と［科目残高］欄に差額がある場合に表示されます。

［はい］を選択すると、補助科目の期首残高の合計が、その主科目の期首残高に反映（転送）されます。
［いいえ］を選択すると、差額があるままとなります。（主科目の期首残高に転送されません）。

基本的には［いいえ］を選択して、補助科目合計が科目残高と一致するように入力します。
［はい］をクリックすると主科目残高が変わり、貸借不一致が起こる可能性がありますのでご注意ください。

詳しくは、下記の資料をご確認ください。