部門は期首残高が登録されていると削除することができません。
以下の手順を参考に期首残高を0にしてください。

操作を行う前に、必ずバックアップを実行してください。
バックアップについてはこちら（FAQ）をご確認ください。

【操作手順】
①「前準備」－「期首残高の登録」を起動します。

②［残高区分］を［勘定科目］と［補助科目］でそれぞれ設定し、削除したい部門の期首残高を0に修正します。
期首残高を0にすることによって、「部門指定なし」と他の部門の合計に差異が発生する場合は、必要に応じて他の部門の期首残高も変更します。

③「前準備」－「部門の登録」を起動し、該当する部門を［削除］します。

【参考】
『PCA会計hyperシリーズ』で「セグメント1～3区分」を使用している場合は、削除予定の部門でセグメントごとに［勘定科目］［補助科目］の期首残高を0にする必要があります。
「取引先」を使用している場合は、該当部門の［取引先］［補助科目別取引先］［取引先別補助科目］の期首残高も0にしてください。