消費税額は、資産の新規登録時に「取得時消費税設定」として保持されます。

固定資産科目を修正しても、この「取得時消費税設定」は変更されません。

「一般資産の登録」の[設定]メニュー、[取得時消費税設定]にて適切な税区分に変更してください。