「日常帳票」ー「合計残高試算表」にて以下のポイントをご確認ください。 

１［指定なし（法人全体）］で警告メッセージが出るかどうか。

【警告メッセージが出ない場合】
　貸借対照表の管理が「会計単位」ではなく、法人全体で管理している場合は、［指定なし（法人全体）］で警告メッセージが出ないのであれば問題ありません。 
　貸借対照表を「会計単位」で管理している場合は、どの会計で警告メッセージが出るか確認のうえ、以下のポイントを確認します。

【警告メッセージが出る場合】
以下のポイントをご確認ください。

２［4月1日～4月1日］に設定して警告メッセージが出るかどうか。

【4月1日時点で警告メッセージが出ない場合】
何月何日で警告メッセージが出るかお探しください。また該当日付の仕訳をご確認ください。

【4月1日時点で警告メッセージが出る場合】
①「ファイル」ー「データ領域の選択」で前年度を選択し、前年度時点で警告メッセージが出ていないかご確認ください。（前年度の4月1日時点で警告メッセージが出る場合は、前々年度と年度を遡って原因となる年度と仕訳を調べます）

また前年度の領域で警告メッセージが出ない場合は期末更新処理（再更新）を行ってください。

※「999諸口」に残高が残っていないかご確認ください。999諸口は期末更新処理で繰越されないため、次年度で貸借対照表と活動計算書の不一致の原因となります。諸口の残高が0円になるように仕訳を見直してください。

②導入年度で前年度が無い方は、「前準備」ー「期首残高の登録」を開き、貸借差額が出ていないかご確認ください。

【参考】
合計残高試算表では警告メッセージが表示されず、「決算処理」ー「決算書」でメッセージが表示される場合はこちら（FAQ）をご確認ください。