95％ルール^※の条件を満たしていて、全額控除に丸がつかない場合は「95％ルールを適用しない」の表記になっている可能性があります。

「95％ルールを適用しない」となっている場合は下記手順より設定をご確認ください。

【手順】

①メインカテゴリ「決算処理」－「消費税申告書・付表」を起動します。

②画面上部にある「申告書項目」をクリックします。

③「金額等１」タブにある［仕入控除税額に関する95％ルールの適用］が［適用しない」になっているため、［自動で判定する］に切り替えて［設定］をクリックします。

④95％ルールが適用されていることをご確認ください。

※【95％ルールについて】

課税期間中の課税売上高が5億円以下、かつ、課税売上割合が95パーセント以上の場合、 

課税期間中の課税売上げに係る消費税額から、その課税期間中の課税仕入れ等に係る消費税額の全額を控除します。 

詳しくはこちら（国税庁「No.6401 仕入控除税額の計算方法」）をご参照ください。