労災保険対象区分や雇用保険対象区分は毎月の給与（賞与）データに登録されていますので、社員マスターを変更しても入力済みの給与（賞与）データには反映されません。
「随時」－「賃金台帳入力」で該当社員を選択し、［給与その他］タブにて修正してください。

【注意】
基礎賃金集計表資料は前年4月から当年3月までを集計する帳票のため、前年の区分も正しく修正する必要があります。
「ファイル」－「データ領域の選択」にて前年を選択し、同様に修正してください。