［その年中の支払総額］の［支払金額］は、その年に会社が支払った総額（課税合計金額）です。
よって、中途入社の前職給与は含まれません。

【参考】
年調計算後、金額を変更された場合は、自動的に反映されませんので、「年末調整」－「年末調整計算」を起動し、再度、年調計算を行ってください。