通勤費は、月額変更（算定基礎）計算を行うときの［通勤費の選択］によって社員マスターを参照するか給与データを参照するかが異なります。
「社会保険」－「月額変更（算定基礎）届計算・修正」にて［通勤費の選択］を正しく設定し、再度計算を行ってください。

【解説】
［自動選択］は、「社員」－「社員情報の登録」の［通勤費］の金額を参照し、金額が0の場合は、給与入力画面で入力された非税通勤・課税通勤の金額を参照します。
［社員マスター］は、「社員」－「社員情報の登録」の［通勤費］の金額を参照します。
［給与データ］は、「社員情報の登録」の通勤費に関係なく、給与入力画面で入力された非税通勤・課税通勤の金額を参照します。

【注意】
再度計算を行うと修正画面で入力した内容はすべて消去され、計算直後の内容になりますので、ご理解の上、再計算を行ってください。