社員の税区分、扶養人数が違っているか、支給項目が非課税になっていることが考えられます。
以下の方法により、設定を確認することができます。

【手順】
①「社員」－「社員情報の登録」で該当社員を選択し、［所得税・年末調整］タブにて［税区分］［扶養親族等の数］を確認します。
②「給与体系」－「支給控除項目の登録」を起動し、該当社員が所属する給与体系を選択してから、作成した給与支給項目の課税区分を確認します。
③ 既に給与が入力済みの場合は、自動的には反映されませんので、「給与明細書入力」にて該当社員の画面を起動し、［修正］ボタンをクリックした後に［計算］ボタンをクリックします。