給与入力で休職者・退職者を非表示にするには、［就労状況］で表示させる社員から外します。
「給与明細書入力」では画面左下にて、表示する就労状況を指定することができます。

「給与一覧表入力」「給与複写入力」では［社員指定］画面にて、表示する就労状況を指定することができます。

休職者・退職者のチェックを外すと、支給がなくなった社員に入力するという誤りを防ぐことができます。

【参考】
休職者・退職者であっても、給与入力は可能です。
休職・退職は、「社員」－「社員情報の登録」の［就労・所属］タブにて登録します。