支払方法変更前に給与（賞与）データが確定していた場合は、支払方法を変更しても入力済みの給与（賞与）データには自動的に反映されません。
「給与（賞与）」－「給与（賞与）明細書入力」にて該当社員を起動後、［計算］ボタンをクリックして、再計算させる必要があります。