年の途中で社員の給与体系を変更しても問題ありません。
ただし、「賃金台帳」や「累計支給控除一覧表」など、1年間を通して出力が可能な帳票の場合、支給控除項目名の異なる給与体系へ変更すると、項目名と金額内容が異なることになり、正しい集計ができなくなります。
ご理解の上、ご変更ください。
給与体系は、社員ごとに設定する方法と部門ごとに設定する方法があります。
両方設定している場合は、社員ごとに設定した給与体系が優先されます。

■社員ごとに設定する場合
「社員」－「社員情報の登録」で社員を選択し、［就労・所属］タブにて［給与体系］を修正します。

■部門ごとに設定する場合
「前準備」－「部門の登録」で部門を選択し、［基本給与体系］を修正します。
［基本給与体系］を修正した場合は、その部門に所属する社員のうち、個別に給与体系が設定されていない社員が一括で変更されます。

給与体系変更後に各種帳票を出力するとき、変更した社員が集計される給与体系は各種帳票の条件指示で指定する［集計時の参照先］によって異なりますのでご注意ください。
［集計時の参照先］
社員マスターを選択した場合は、現在、社員マスターに登録されている給与体系で、絞り込みや並べ替えを行います。支給控除項目名は、現在、社員マスターに登録されている給与体系の項目名で表示します。
給与（賞与）データを選択した場合は、給与（賞与）データ登録時点の給与体系で、絞り込みや並べ替えを行います。支給控除項目名は、給与（賞与）データ登録時点の給与体系の項目で表示します。

【参考】
以下の処理で［集計時の参照先］が選択できます。
「外部マスターの作成」「汎用データの作成」「給与勤怠支給控除一覧表」「賞与支給控除一覧表」「給与（賞与）明細書」「累計支給控除一覧表」など