原因としては二つ考えられますので、以下の内容をご確認ください。
・『PCA会計シリーズ』側の「PCA eDOC連動設定」が正しく行われていない
こちらのFAQの④以降をご参考いただき、 ユーザー定義プロパティの関連付けが正しく行われているかご確認ください。
・『PCA会計シリーズ』からのアップロード時に、伝票ヘッダー部のリンクボタンからアップロードしている
伝票ヘッダー部のボタン(画面上部にある大きなボタン)からファイルをアップロードすると[取引日]しか登録されませんので、伝票の明細部にある小さなボタンの方からアップロードを行ってください。