補助科目は仕訳に使用されていると削除することができません。
あらかじめ伝票を削除したり、別の科目に変更したりした場合、元の伝票に二重線を付けて削除履歴を残しますので、仕訳は削除されていません。
これらの仕訳（二重線付データを含む）を削除することで、補助科目を削除することができます。

【手順】
①バックアップの実行
②［電子帳簿保存］の確認
③仕訳（二重線付データを含む）の確認
④二重線付データの削除
⑤補助科目の削除

詳細は下記の資料をご確認ください。表示されない場合はこちら（PDF）をご確認ください。