「請求書」メニューの［請求書様式］でフリーフォーマットの様式（名称の先頭にFがついているもの）を選択していると、Excelの選択肢が消えてしまいます。
［請求書様式］で専用帳票（名称の先頭にFがついていないもの）を選択して進み、Excel出力の選択が出るかご確認ください。