支払伝票を入力することで、間接的に残高を修正する方法になります。

【手順】
支払伝票は、精算期間の開始日よりも前の日付で入力し、
商管上の残高が実際の残高よりも多い場合はプラス金額で、少ない場合はマイナス金額で差額を入力します。
種別は［その他］とし、理由を摘要に記載すると良いでしょう。
ただし、この方法は過去のデータ集計などにも影響が出ますので、極力過去の伝票を元帳などで確認して伝票の過不足を調査することをお勧めします。
また、念のため必ず作業前にはデータのバックアップを行うようにしてください。