勘定科目属性で判別しています。
例えば、青色申告決算書の「売上（収入）金額（雑収入を含む）」であれば、『PCA会計シリーズ』において勘定科目属性が「売上高」、「収入」、「雑収入」等となっている科目の金額が受け入れされます。また、「仕入金額（製品製造原価）」であれば、「(製)原材料仕入」や「(製)外注加工費」等となります。

【参考】
青色申告決算書の科目と『PCA会計シリーズ』の勘定科目属性の詳細な対応については、PDFマニュアル「会計データの受入」の「決算書科目・勘定科目属性対応表」をご覧ください。