該当の仕入先の［支払締日］欄が「00」になっているか、仕入伝票の伝区が［掛買］以外になっている可能性があります。

【参考】
「前準備」－「取引先」－「仕入先の登録」で支払締日欄が「00」になっている場合は、支払明細書の発行をしない認識になるため、消費税はすべて仕入伝票毎に計上される仕様になっています。