以下のような原因が考えられます。

１．給与と法定調書で社員の人数が違う
給与でのみ、もしくは法定調書でのみ存在する社員が居る場合、支払金額は合致しません。支払金額の内訳となる社員の人数が合致しているか、ご確認ください。

２．給与で年調計算を行っていない
法定調書に源泉徴収票の金額を連動する場合、給与側で年調計算が完了している必要があります。年末調整する/しないに関わらず、対象となる社員全員、必ず年調計算を行った後に連動するようにしてください。