［取引合計］は仕入伝票に入力した明細の金額が全て出てきますが、［純仕入高］は取引合計から諸雑費として入力した明細を除いた金額が出てきます。
また、集計条件によっては消費税の計算方法も異なるため、諸雑費の明細がない場合でも数円のずれが出る場合があります。

【参考】
諸雑費の明細は、「前準備」－「商品」－「商品の登録」のマスター区分で諸雑費として登録されている商品で伝票入力すると作成されます。
また、基本的に［取引合計］は伝票合計から、［純仕入高］は伝票明細から消費税を計算しますので（ただし、集計条件によっては例外もあります）、例えば税抜￥70、消費税￥5という明細が2行ある伝票を登録すると、端数切捨の場合［取引合計］の金額は￥151、［純仕入高］の金額は￥150となります。