在庫数の照会の在庫数は集計期間を指定せず全ての期間で集計した在庫数になるため、在庫一覧表で集計に使用する「在庫期間の集計」の期間と違う場合は、在庫数が変わります。
例えば、未来の日付で売上や仕入の伝票を入力していると在庫数の照会ではその分も反映されますが、その日付が在庫期間の集計外の期間であれば在庫一覧表には反映されません。
また、倉庫別管理をされている場合は倉庫毎の集計になりますので、確認されている倉庫番号が同じかどうかをご確認ください。

【参考】
期間も倉庫も問題がないのに合わない場合は、「ファイル」－「データの保守」を開き、「在庫数の再計算」を実行してみてください。