大変申し訳ございませんが、得意先の税換算を変更しても、変更前に登録している伝票には反映されません。
伝票を1枚ずつ修正していただくことが必要になります。

【参考】
税通知の選択方法に関わらず、データを入力し直さない限り反映されません。
税換算は得意先と商品の両方に設定があり、密接に関わり合っているためです。
修正するには、売上伝票入力の画面にて、修正する伝票を検索し、各商品の明細行にカーソルがある状態で、［編集］－［税区分の変更］をクリックします。
税区分の変更の画面が表示されたら、税込区分の選択を変更してください。