他のマスターや各伝票に既に登録されている得意先や商品は、それらを削除してからでないと削除できません。
削除することによってデータ上の不整合が発生するのを防ぐためです。
そのため、エラーメッセージに出てくるマスターや伝票を確認し、それらを全て削除していただく必要があります。
詳細は下記の資料をご確認ください。表示されない場合はこちら（PDF）をご確認ください。

マスターの削除が難しい場合は、「前準備」－「取引先」－「得意先の登録」や「前準備」－「商品」－「商品の登録」にある［使用区分］という項目を「禁止」にしておくと、伝票入力時にマスターの検索画面に表示されませんので、お試しください。