一時的に得意先の掛率を修正して使用する方法と、伝票入力時に単価部分を修正する方法があります。

【参考】
「前準備」－「取引先」－「得意先の登録」で変更する場合は、伝票に得意先コードを入力する前に行ってください。
伝票入力時に変更する場合は、単価欄にカーソルが止まった時点で［編集］－［単価等の掛率計算］を選択すると、その得意先で設定した掛率が表示されますので、［掛率］の欄に実際に使用したい率を手入力してください。