該当の得意先の［請求締日］欄が「00」になっているか、売上伝票の伝区が［掛売］以外に設定されている可能性があります。

【参考】
「前準備」－「取引先」－「得意先の登録」で請求締日欄が「00」になっている場合は、請求書の発行をしない認識になるため、消費税はすべて納品書毎に計上される仕様になっています。