請求書の設定画面下にある「自社名」という項目が「印字しない」に設定されている可能性があります。
「請求書1」など、「社名欄」で登録した名称を指定してください。

【参考】
それでも印刷されない場合は、フリーフォーマットの請求書を使用されている可能性があります。
その場合は、「随時」－「フリーフォーマット」－「請求書のフリーフォーマット」から固定印字項目を用いて自社名をフォーム上に直接登録していただく必要があります。

【注意】
「フリーフォーマット」はシステムA・じまん（jiman）ではご使用になれません。