得意先マスターの消費税通知欄は[免税]に設定されている、または以前[免税]に設定していたものを途中で変更したことが考えられます。
消費税が計算されない売上伝票で得意先を一度別の得意先にしてから、再度正しい得意先に直して伝票を再登録してください。
【参考】
売上伝票の入力後に得意先マスターの変更を行っても、自動的に伝票には反映されません。
既存の伝票上で得意先を読込み直すことにより、現在の得意先の設定で消費税を再計算します。
詳細は下記の資料をご確認ください。表示されない場合は
こちら(PDF)をご確認ください。