「認証方法」とは、ソフトの起動時に、ユーザー情報とパスワードを用いてセキュリティを高めるための設定です。
「OS認証」とはWindowsにログインするユーザー情報・パスワードを利用してそのままソフトを起動する方法で、ソフト起動時にはログイン画面は表示されません。
「独自認証」とはソフト起動時に、ユーザーIDとパスワードを入力して起動する方法です。

【参考】
PC入替時などデータベースが変わる場合は同じ認証方法でセットアップし、
これまで利用していたユーザーIDと同じIDを作成した状態でバックアップデータのリカバリを行うと、
領域ユーザー情報やユーザーごとに記憶している入力項目の設定等を引き継ぐことができます。

【注意】
オンプレからクラウドに移行される場合、クラウドは独自認証のみとなりますので
オンプレ版でOS認証を利用していた場合は、領域ユーザー情報やユーザーごとに記憶している入力項目の設定等を引き継ぐことはできません。