一括配賦入力で、「配賦先仮科目仕訳を内部取引仕訳に設定しますか?」というメッセージが表示されました。

一括配賦入力で作成された配賦伝票には、「前準備」-「配賦パターンの登録」の[設定]から登録した配賦仮科目が使用されます。
配賦伝票の仮科目の仕訳行に内部取引のフラグを付けたい場合は「はい」で進みます。
画面例:公益法人会計DXシリーズ
[条件指示]-[その他の設定]で事業間の仮科目を[使用する]にした場合
[会]のマーク→内部取引区分[会計間取引]
[事]のマーク→内部取引区分[事業間取引]

内部取引のフラグが付いた仕訳については、決算書や内訳表で内部取引消去機能を使うことができます。
詳しくはこちらをご確認ください。