前年度からの繰越残高はあるが、今年度では取引のなかった科目の元帳を出力したいです。

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回答

「総勘定元帳」や「補助元帳」のツールバーの［集計条件］ボタンをクリックし、［その他の設定］タブの［仕訳のある科目のみ出力する］にチェックが付いていたら外します。
ここにチェックが付いていると、繰越残高のみの科目は、出力対象になりません。