「仕訳伝票発行・チェックリスト」の出力順序は、ツールバーの［集計条件］ボタンをクリックし、［並び順］にて選択ができます。
［項目］と［順番］の組み合わせにより、以下のように集計します。

■［伝票日付］・［古い日付から表示］⇒伝票日付順（昇順）、伝票番号順（昇順）

■［伝票日付］・［新しい日付から表示］⇒伝票日付順（降順）、伝票番号順（降順）

■［入力日付］・［古い日付から表示］⇒入力日付順（昇順）

■［入力日付］・［新しい日付から表示］⇒入力日付順（降順）

■［伝票番号］⇒［伝票番号管理］が［月別自動付番］［手入力］［部門別自動付番］の場合は、月度順、伝票番号順、伝票日付順（すべて昇順）です。
また、［年度別自動付番］［部門別年度別自動付番］の場合は、伝票番号順、伝票日付順（すべて昇順）になります。

【参考】
『経理じまん・jiman』の［伝票番号管理］には、［部門別自動付番］［部門別年度別自動付番］の機能は搭載されていません。